从抚顺琥珀的形成始新世地层保存的各种生物化石和地质资料提供的信息，抚顺琥珀的形成源于抚顺地区处在一个构造断裂带上，由于喜马拉雅山构造运动，抚顺不断下沉形成一个盆地。在距今约6000多万年的古新世时，这里的环境经历了从火山频繁喷发到逐渐稳定的过程。在火山喷发之后漫长的几十万年的岁月中，在富含大量微量元素的火山灰烬的大地上，植物曾经历了数十万年的繁衍。这里曾经是万木葱茏的热带原始森林，河流、湖泊众多，古树参天，气候温和，是飞禽走兽的欢乐王国。由于受雷电和狂风暴雨的袭击，树木枝干断裂或受到创伤。
一些受过自然创伤的松科植物断裂的“伤口”处流出树脂，树木不断地分泌树脂，有的树脂汇集起来形成较大的团块。当树脂刚刚分泌出来时，有的树种的树脂带有甜蜜的香味，吸引了不少如蚂蚁、蚊虫和甲虫等形形色色的昆虫，还有一些以昆虫为食的小动物，由于树脂又黏又稠，昆虫和小动物一旦被粘住就很难逃脱，此时此刻，树脂继续分泌流出，将各种小昆虫、小动物和落在树脂上的小树枝、树叶包裹在其中，被包裹在树脂中的各种动植物和孕育它们的原始森林，由于当时特别活跃的地质构造运动，随着盆地的急速下降，原来大面积的原始森林被深埋于地下，大量的有机物质被封闭在地层里面，处于一个还原的密封环境，植物和动物个体，都不至于腐烂、氧化和被其他动物吃掉。
二千年过去了，原始森林碳化形成了煤，其中的树脂也在煤层中保存下来，石化成为琥珀。被树脂包裹的动、植物形成了化石。在盆地形成沼泽之后盆地又不断地下降，原始森林也不断地堆积，另外一些松柏科树分泌的大量的树脂脱落后可以在沼泽中大量集中。大片森林被深埋人地层，树木中的碳质富集起来变成了煤，树脂在煤层中则形成了琥珀化石。又被以后的火山喷发的熔岩覆盖。
